Kirsten Dunst sinh ra tại Point Pleasant, New Jersey và còn có một em trai sinh năm 1986. Cha cô Klaus Dunst, là một nhân viên y tế người Đức. Mẹ cô Inez Rupprecht, người Thụy Điển, là một nghệ sĩ tự do làm việc tại một phòng tranh nhỏ. Tháng 9 năm 2011, cô được cấp quốc tịch Đức và quyết định giữ song song 2 quốc tịch Mỹ-Đức.

Tới năm lên sáu, gia đình chuyển tới Brick Township, New Jersey, tại đây cô theo học trường Ranney School. Năm 1991, Kirsten tới Los Angeles, California và học tại Laurel Hall Day School. Năm 1995, cha mẹ cô li dị. Cô và em trai Christian sống với mẹ. Những năm tiếp theo cô theo học tại trường công giáo Notre Dame High School tại California. Trong thời gian sau đó, cô tham gia vào một vài bộ phim Little Women (1994), Jumanji (1995) và Small Soldiers (1998). Tuy nhiên, Kirsten cũng từng bỏ đi vài lời mời, ví dụ như Now and Then (1995).

Sau khi tốt nghiệp trung học, Kirsten tiếp tục sự nghiệp diễn xuất mà cô bắt đầu từ năm lên tám tuổi.